Program Pascasarjana (PPs) UIKA Bogor didirikan tahun 2000 pada waktu kepemimpinan rektor Chaeruddin Nawawi dan Dekan FAI, Didin Hafidhuddin. Persiapan pendirian PPs dirintis pada tahun 1999. Saat itu rektor dan Dekan menugaskan Didin Saefuddin Buchori untuk menjadi ketua panitia pembentukan PPs UIKA didampingi E. Bahdruddin sebagai sekretaris.
Pada bulan Oktober 1999 Panitia mengundang Sekretaris Dirjen Pendidikan Islam (dahulu Pembinaan Kelembagaan Islam) Kementerian Agama (dahulu Departemen Agama) RI, Dr. Syafi’I Mufid untuk memberikan orasi pada seminar di UIKA. Di dalam pembicaraan dengan pimpinan UIKA dan FAI, Syafi’I Mufid memberikan arahan bahwa PPs bisa mulai beroperasi sambil perizinan ke Depag diproses.
Arahan dari sekdirjen tersebut mendorong panitia untuk mempersiapkan segala sesuatunya demi terbentuknya PPs UIKA. Persiapan meliputi penerbitan SK dari YPIKA, pengusulan pimpinan PPs, pencarian staf administrasi, penetapan kurikulum dan calon dosennya, penyampaian informasi kepada para lulusan S-1, persiapan penerimaan mahasiswa, pencarian kantor sekretariat dan perisiapan-persiapan teknis lainnya.
Pimpinan PPs sementara dirangkap oleh Dekan FAI Didin Hafidhuddin sebagai ketua Program dan Pembantu Dekan I FAI, Didin Saefuddin Buchori, sebagai sekretaris program. Setelah jabatan keduanya di FAI berakhir pada tahun 2000, rektor mengangkatnya sebagai pejabat definitif di Pasca.
Program Studi yang pertama kali dibuka di Pascasarjana UIKA Bogor yaitu Magister Pendidikan Agama Islam (MPAI) UIKA Bogor yang terdiri atas dua konsentrasi: Manajemen Pendidikan Islam dan Ekonomi Islam. Izin penyelenggaraan Magister Agama \ Islam adalah Surat Keputusan Dirjen Binbaga Islam No. E/260/2001 tanggal 20 November 2001 dan diperpanjang oleh SK No. DJ. 11/37/2006 tanggal 9 Maret 2006.
Pada tanggal 24 Oktober 2014 Program Magister Pendidikan Agama Islam telah terakreditasi B dari BAN PT dengan nomor: 425/BANPT/Akred/M/ X/2014. Alhamdulilah, berkat ridha Allah Subahanahu Wata’ala serta dukungan seluruh pihak, pada Tanggal 17 Nopember 2020, Program Magister Pendidikan Agama Islam mendapatkan nilai Akreditasi A dengan SK BAN PT nomor: 7343/SK/BANPT/Akred/M/XI/2020.
Selain telah Terakreditasi A oleh BAN-PT, Program Magister Pendidikan Agama Islam (MPAI) UIKA Bogor memiliki beberapa keunggulan diantaranya :
1. Terpilih sebagai Program Studi dengan Kategori Perkembangan Mahasiswa Terbaik Ke-1 Tahun 2022 di lingkup UIKA Bogor.
2. Terpilih sebagai Program Studi dengan Score SINTA tertinggi 2023 di lingkup UIKA Bogor.
3. Dosen pengajar yang kompeten dalam bidang keilmuannya.
4. Memiliki 4 konsentrasi pilihan.
5. Biaya perkuliahan dapat dicicil.
6. Bisa lulus dalam 1 tahun 8 bulan.
7. Perkuliahan hanya 2 hari dalam 1 pekan.
8. Dipercaya oleh banyak Instansi dalam kerjasama kelanjutan jenjang pendidikan.
Alhamdulillah, sampai saat ini Program Magister Pendidikan Agama Islam Sekolah Pascasarjana UIKA Bogor terus berkomitmen untuk memberikan yang terbaik kepada mahasiswa maupun pihak eksternal baik dalam aspek pendidikan, fasilitas, maupun pelayanan.
Semoga Allah Suabahanahu Wata’ala senantiasa membersamai perjalanan kami guna melahirkan putra-putri terbaik bangsa. Aamiin Allahuma Aamiin.