Program Magister Pendidikan Agama Islam (MPAI) UIKA Bogor adalah program studi berbasis riset keislaman dan teknologi yang telah melahirkan generasi unggul sejak tahun 2001. Dengan visi menjadi program studi unggul dalam kajian pendidikan agama Islam berbasis teknologi berdaya saing global tahun 2030. Pada tanggal 17 Nopember 2020, MPAI UIKA Bogor mendapatkan nilai Akreditasi A dengan SK BAN PT nomor: 7343/SK/BANPT/Akred/M/XI/2020.